Sú to dva rôzne protokoly ( spôsoby sťahovania emailov ),  zjednodušene by sa dalo povedať, že POP3 "stiahne poštu do Vášho počítača a nezostáva na serveri", zatiaľ čo IMAP/s -pošta je aj "vo vašom počítači, aj na serveri", čiže je neskôr dostupná aj cez webmail (kdekoľvek na svete).

Ak je na konci s to znamená že pošta sa prenáša medzi Vaším počítačom a serverom kriptovane tj. po ceste ju nemôže nikto odchytit a prečítať.