Tento problém vzniká pri veľkých databázach s množstvom tabuliek resp s veľkosťou nad 10 MB, s čím už normálny php skript nedokáže pracovať.
Každodenné kompletné zálohy databáz nájdete tu v adresáry db vo vašom ftp priestore.
Ak potrebujete urobiť okamžitú zálohu / obnovu databázy existuje na to šikovný program :
http://www.mysqldumper.de/en/index.php

Vďaka tomu že nepracuje s databázou ako celkom, ale podelí si ju na menšie časti dokáže spracovať aj veľmi veľké databázy.